Como emitir notas fiscais de serviços no emissor nacional?

A partir de janeiro de 2026, todos os profissionais e empresas prestadoras de serviços no Brasil, incluindo clínicas médicas, consultórios e profissionais da saúde com CNPJ, deverão emitir suas notas fiscais por meio do Emissor Nacional da NFS-e, uma nova plataforma criada para unificar o processo de emissão em todo o país.

A mudança marca uma ruptura com o antigo modelo descentralizado, onde cada município possuía seu próprio sistema de emissão, com regras e formatos distintos. 

Agora, o novo ambiente digital, desenvolvido pela Receita Federal em parceria com os municípios, padroniza a emissão da nota fiscal de serviços eletrônica em um único portal nacional.

Se você é médico, dentista, psicólogo ou administra uma clínica e precisa emitir notas fiscais de forma correta e segura, continue a leitura. 

A AJMED, referência em contabilidade para a área da saúde, preparou este guia para explicar o que muda, quem está obrigado e como emitir a NFS-e Nacional, passo a passo.

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O que é o emissor nacional de nota fiscal de serviços?

O Emissor Nacional da NFS-e é uma plataforma digital gratuita que centraliza a emissão de nota fiscal de prestação de serviços em todo o território nacional. Ele foi criado para resolver um problema antigo: a diversidade de sistemas municipais que tornava a emissão de notas algo burocrático, confuso e, muitas vezes, cheio de falhas.

Antes, cada prefeitura tinha seu próprio portal, exigia campos diferentes e aplicava suas regras, o que dificultava especialmente quem prestava serviços em mais de uma cidade. Com o novo modelo, tudo passa a ocorrer em um único ambiente online, o Ambiente de Dados Nacional (ADN).

Com isso, tanto o fisco municipal quanto a Receita Federal têm acesso às notas emitidas, aumentando a integração, a rastreabilidade e o controle tributário.

Por que o emissor nacional foi criado?

A criação do emissor nacional tem como objetivo modernizar, simplificar e padronizar o processo de emissão de notas fiscais de serviços em todo o Brasil. 

Para o setor da saúde, essa mudança é especialmente importante, pois muitos profissionais atuam em diferentes municípios, atendem planos de saúde e precisam de agilidade e conformidade fiscal.

Entre os principais benefícios do novo sistema, destacam-se:

• Eliminação de sistemas municipais distintos;
• Redução de erros no preenchimento da nota;
• Padronização do layout e da estrutura das informações;
• Acesso centralizado às notas emitidas;
• Maior segurança jurídica e rastreabilidade;
• Preparação do sistema para a Reforma Tributária.

Ou seja, a mudança não é apenas tecnológica: ela faz parte de um movimento maior de transformação do sistema tributário brasileiro.

Quais informações são exigidas na nota fiscal de serviços?

Antes de acessar o sistema, tenha em mãos os seguintes dados:

• CNPJ, razão social e endereço da clínica ou profissional;
• Dados do paciente ou tomador do serviço: nome, CPF ou CNPJ, e endereço (se for pessoa jurídica);
• Descrição do serviço prestado: consulta, procedimento, atendimento domiciliar, etc.;
• Valor dos serviços prestados;
• Município onde o serviço foi realizado, que define o recolhimento do ISS (Imposto Sobre Serviços).

Essas informações são semelhantes às que já eram utilizadas em sistemas municipais, o que facilita a adaptação.

Passo a passo para emitir a NFS-e no emissor nacional

Confira o passo a passo prático para emitir corretamente a sua nota no novo sistema:

1. Acesse o portal: Entre no site: https://www.nfse.gov.br/EmissorNacional
2. Faça o login: Utilize o certificado digital e-CNPJ da clínica ou profissional para acessar o sistema. Também é possível acessar com conta gov.br, dependendo do perfil.
3. Configure os dados da empresa: Na primeira vez, será necessário cadastrar ou validar os dados do prestador: endereço, inscrição municipal, regime tributário, etc.
4. Clique em “Nova NFS-e”: No menu principal, clique na opção para iniciar uma nova nota fiscal.
5. Preencha os dados do tomador: Inclua os dados do paciente ou empresa contratante (nome, CPF ou CNPJ, cidade).
6. Descreva o serviço prestado: Informe o tipo de atendimento, valor, código de serviço e o município onde foi executado.
7. Revise e confirme: Confira todas as informações com cuidado e, se estiver tudo correto, confirme a emissão da nota.
8. Emita e envie ao cliente: A nota será gerada com validade jurídica imediata. Você pode:

• Imprimir o documento;
• Salvar em PDF;
• Enviar por e-mail ou WhatsApp ao cliente.

Posso integrar o emissor nacional ao meu sistema?

Sim. Para clínicas que utilizam sistemas de gestão médica ou ERPs, é possível integrar a NFS-e Nacional via API, automatizando o processo e evitando o preenchimento manual de cada nota.

Essa é uma alternativa recomendada para quem emite muitas notas por mês e deseja ganhar tempo e produtividade. A integração deve ser feita com apoio técnico e com a orientação do contador.

Como a AJMED pode ajudar sua clínica

A AJMED é especialista em contabilidade para médicos, clínicas e profissionais da saúde. Estamos preparados para orientar nossos clientes em todas as etapas da adaptação ao novo sistema da NFS-e Nacional.

Com nosso suporte, você terá:

• Auxílio na habilitação e acesso ao portal;
• Configuração correta dos dados da sua empresa no sistema nacional;
• Treinamento para emissão das notas com segurança;
• Integração da NFS-e com a contabilidade da clínica;
• Apoio no cálculo e recolhimento do ISS;
• Prevenção de erros que possam gerar autuações.

Conclusão: emita corretamente suas notas e evite problemas com o fisco

O novo modelo de emissão da Nota Fiscal de Serviços Eletrônica Nacional veio para simplificar, mas exige atenção. 

Médicos, dentistas, psicólogos e gestores de clínicas precisam se adaptar o quanto antes para garantir conformidade, segurança fiscal e agilidade no atendimento.

Se você ainda tem dúvidas ou deseja apoio prático para implantar o novo sistema, fale com a equipe da AJMED. 

Estamos prontos para ajudar você a emitir suas notas com tranquilidade e manter sua clínica sempre em dia com as obrigações fiscais.

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Bruno Nascimento

Fundador e CEO da AJMED – Contabilidade Médica e euContador – Contabilidade Digital, tendo mais de 20 anos de experiência no mercado contábil. Possui mais de 3500 alunos, 250 CNPJs sob gestão e mais de 200 médicos em seu escritório. Possui a formação Academia de Contabilidade Médica, que forma centenas de alunos todos os anos.