Reforma tributária para clínicas médicas: veja o que muda

A reforma tributária que começa a ser implementada a partir de 2026 representa uma das maiores mudanças no sistema de tributação brasileiro das últimas décadas. 

O setor de saúde, incluindo clínicas médicas, consultórios e empresas de serviços médicos, está diretamente impactado, especialmente no que diz respeito à forma como tributos sobre serviços são calculados, apurados e compensados.

O objetivo deste artigo é mostrar de forma clara e prática o que muda com a reforma tributária para clínicas médicas, quais são os principais pontos de atenção e como se preparar para essas mudanças sem comprometer a operação ou aumentar custos desnecessariamente.

Qual o objetivo da reforma tributária?

O sistema tributário brasileiro é conhecido pela sua complexidade, pela elevada quantidade de impostos sobre consumo e pela cumulatividade de tributos que incidem em diferentes etapas de produção e prestação de serviços. A reforma visa:

• Simplificar a estrutura de tributos sobre bens e serviços;

• Reduzir a cumulatividade e tornar impostos mais transparentes;

• Unificar e organizar tributos federais, estaduais e municipais;

• Criar um ambiente mais estável e previsível para empresas.

Para isso, dois tributos novos foram criados para substituir gradualmente outros que já existiam:

• CBS (Contribuição sobre Bens e Serviços): Tributo federal que substitui PIS e Cofins;

• IBS (Imposto sobre Bens e Serviços): Tributo de competência compartilhada entre estados e municípios que substitui, ao longo do tempo, o ICMS e o ISS.

Esse modelo é inspirado no conceito internacionalmente utilizado do IVA (Imposto sobre Valor Agregado).

O que muda para clínicas médicas?

Para clínicas médicas e prestadores de serviços de saúde, as principais mudanças podem ser agrupadas em três frentes:

✔ Substituição de tributos como PIS, COFINS, ICMS e ISS por (CBS e IBS);

✔ Possibilidade de crédito tributário sobre insumos

✔ Ajustes na forma de apuração dentro dos regimes tributários existentes

Vamos detalhar cada um desses pontos na prática.

1.Substituição de tributos

Atualmente, clínicas médicas pagam tributos federais e municipais como:

• PIS/Cofins sobre a receita bruta;

• ISS sobre serviços prestados;

• Eventualmente ICMS se houver comercialização de produtos;

• Tributos federais e estaduais isolados.

Com a reforma tributária, o IBS substitui a cobrança do ISS e do ICMS, enquanto a CBS, substitui a cobrança de PIS e COFINS.

Isso significa:

• A clínica vai tributar seus serviços com base em novos impostos;
• A apuração será mais simples, com potencial redução de distorções e custos administrativos;
• A meta é reduzir a complexidade de ter normas diferentes para ISS em cada município.

Na prática: A clínica continuará pagando tributos sobre a prestação de serviços, mas de forma diferente, com destaque para o IBS e CBS na nota fiscal.

2.Créditos tributários: nova lógica de compensação

Um dos pontos mais importantes e vantajosos da reforma é a possibilidade de aproveitar créditos tributários.

O que isso significa?

No modelo atual, muitos tributos sobre serviços (como PIS, Cofins e ISS) são do tipo não cumulativos ou parcialmente cumulativos, o que não permite deduzir os tributos pagos em etapas anteriores.

Com o modelo IBS/CBS:

• A clínica poderá, em muitos casos, aproveitar créditos de tributos pagos em etapas anteriores da cadeia produtiva;

• Isso inclui tributos pagos sobre serviços tomados de terceiros, insumos, equipamentos, tecnologia, entre outros;

• Esses créditos poderão ser abatidos do imposto a pagar sobre a receita de serviços.

Exemplo prático: Uma clínica que paga tributos sobre equipamentos, serviços de TI, exames de terceiros ou qualquer insumo poderá recuperar parte desses tributos como créditos para compensar o imposto sobre a receita.

👉 Isso pode reduzir efetivamente o imposto devido e trazer ganhos de caixa.

3.Impactos nos regimes tributários (Simples, Presumido e Real)

A reforma não elimina os regimes tributários existentes, mas altera a forma como os tributos são apurados dentro deles.

Simples Nacional: O Simples Nacional continua sendo uma opção vantajosa para clínicas com receita anual reduzida.

Dentro do Simples:

• O IBS e a CBS serão incluídos na apuração unificada;

• A clínica continuará recolhendo tributos por meio do DAS;

• A simplificação se mantém, mas com regras novas de crédito.

Importante: O efeito de créditos pode ou não ser vantajoso dependendo do perfil de custos da clínica.

Lucro Presumido:

• Dependendo da margem de lucro efetiva, esse regime pode continuar vantajoso;

• Porém, é essencial simular com a nova tributação para saber se ainda é a melhor opção.

Lucro Real: O Lucro Real passa a ser ainda mais relevante para clínicas com:

• Margens menores;

• Alto volume de despesas dedutíveis;

• Muitos insumos com direito a créditos tributários.

O que não mudou com a reforma tributária?

Apesar das mudanças, existem pontos que permanecem válidos:

✔ A obrigação de emitir nota fiscal: Clínicas continuam obrigadas a emitir a Nota Fiscal de Serviço Eletrônica (NFS-e) para suas prestações de serviços.

✔ A necessidade de escrituração contábil: Para aproveitar créditos e comprovar a apuração dos tributos corretamente, a clínica precisa manter uma contabilidade organizada e atualizada.

✔ Os direitos e obrigações trabalhistas: A reforma não altera o relacionamento de trabalho com colaboradores; encargos trabalhistas e previdenciários continuam vigentes.

Conclusão: o futuro da tributação para clínicas médicas

A reforma tributária não veio para prejudicar clínicas médicas, ela veio para simplificar, reduzir distorções e, em muitos casos, permitir que empresas se beneficiem de créditos tributários que antes não eram acessíveis.

No entanto, para aproveitar esses benefícios, é fundamental:

📌 Entender como o novo tributo (IBS) funciona na prática;
📌 Organizar a escrituração contábil;
📌 Atualizar sistemas fiscais;
📌 Preparar a equipe para a nova forma de apuração;
📌 Reavaliar o melhor regime tributário para o seu perfil de receita.

Se a sua clínica ainda não começou essa preparação, o momento de agir é agora. Com o apoio adequado, é possível reduzir custos, evitar surpresas fiscais e até aumentar a competitividade no seu mercado.

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Bruno Nascimento

Fundador e CEO da AJMED – Contabilidade Médica e euContador – Contabilidade Digital, tendo mais de 20 anos de experiência no mercado contábil. Possui mais de 3500 alunos, 250 CNPJs sob gestão e mais de 200 médicos em seu escritório. Possui a formação Academia de Contabilidade Médica, que forma centenas de alunos todos os anos.